Obec leží na úpätí juhovýchodných svahov Slovenského Rudohoria. Na východe hraničí s Košickou kotlinou jej severozápadnou časťou.

Na juhozápade zasa hraničí s Moldavskou nížinou. Na juhu katastra obce prevládajú pahorkatiny, zväčša orná pôda, pastviny a Urbársky les. Do veľkoidanského katastra patria Čakovky, Pecina, Žobráky a Dúbrava. V severnej časti chotára prevládajú väčšinou zalesnené pahorkatiny. Najnižšia nadmorská výška je pri paňovských lúkach 244 m nad morom a najvyššie položené miesto je hranica troch chotárov, Šemša, Hodkovce, Hýľov – 610 m. Kopec Biela skala nad Bukovskou nádržou je vo výške 597 m a kóta 505 m nadmorskej výšky je na hranici chotárov obcí Šemša, Bukovec a Malá Ida. Nadmorská výška pri ihrisku je 290 m , pri kostole 345 m a pri vodojeme je to 367 m. Výmera šemšanského chotára je 1719 hektárov a pozemkov vo veľkoidanskom chotári približne 337 hektárov.

Územie obce za západe hraničí oráčinou s obcou Hodkovce, na severe lesným porastom s hýľovským chotárom, na severovýchode s bukovským chotárom, ktorý je tiež zalesnený. Východná časť šemšanského katastra hraničí s chotárom obce Malá Ida. Na juhovýchode kataster obce hraničí s katastrom obce Šaca, na juhu s chotárom obce Veľká Ida a na juhozápade lesom, lúkami a oráčinou s chotárom obce Paňovce.

Južná časť chotára je pahorkatina z treťohorných usadenín, prechádzajúca na severe do vrchoviny, ktorú tvoria prvohorné porfiroidy a fylity. Lesné časti chotára majú ilimerizované a hnedé lesné pôdy. Geologické zloženie chotára sa mení, zvlášť na západe od Hodkoviec.

Vyskytujú sa tu aj niekoľko metrov hrubé súvislé tufy. Od kaplnky na severovýchod v období II. svetovej vojny dali nemeckí odborníci vykopať asi 70 m dlhú štôlňu, kde našli grafické bridlice. Zistilo sa , že ide o nedozreté horniny. Vo východnej časti obce sú zväčša bridlice a vápence, ale nájdu sa aj vzácnejšie horniny ako chalkopyrit. Istý čas povozníci odvážali do Medzevských hámrov na ďalšie spracovanie kameň, ktorý obsahoval železnú rudu.

Najúrodnejšia pôda je v južnej časti chotára. Ostatnú časť tvoria kyslé, hnedé, ílovité hliny, chudobné na humus.